第一部：青之軌跡[LOCUS OF BLUE]
三四郎、Kai 與珊德拉、洛德初次見面，展開太空之旅。在平靜的氣氛中，電腦卻脱離控制，向着無人的宇宙深處飛馳而去，惟一的線索是一條遠古時代的摩斯密碼“尋找青”，青是誰？這條密碼究竟有怎樣的含義？四人通力合作試圖改變航向，而飛船距離黑洞區越來越近了……
第二部：釋放的咒文[KATHARSIS SPELL]
珊德拉傾慕的司令登船進行視察，眾人在忽略了這位看似貴氣正派的青年上司一些詭異的舉動。他喚醒了沉睡的古依德·李，為了達到他自己的目的，致使飛船遭到劫持，四人被奪去了操控權。惟一能夠自由活動的Kai，想盡一切辦法救出三四郎，與敵人進行周旋。
第三部：水晶王冠[CRYSTAL CROWN]
四人接受了新的任務，在普通人無法適應的環境和狹窄的空間中進行科學家的選拔。這時三四郎的雙胞胎弟弟-----近衞凱出現了，作為此次任務的長官。科學家中，一名叫埃西亞的少年博士對三四郎產生莫名的好感。而因為Kai的內心深處那隱晦的情緒給三四郎帶來迷惑，兩人關係因此出現了裂痕。而此時一個無法承受壓力的候選者，將三四郎作為人質據守在房間內並令其感染上病毒，將船舶病原體的昆蟲隱藏在船內各處。但是，由於Kai大膽的審問，病理學家供出了隱藏地點。而在生死邊緣的三四郎也因Kai以月人獨有的治療方法而恢復健康。
第四部：巴洛克珍珠[BAROQUE PEARL]
一次偶然事件中，Kai不慎傷到了頭部。醒來時，卻變成了另一個人格----Isis。Isis是Kai十三歲時的人格，月人的特質在他身上表露無遺。而且令眾人感到驚訝的是，Isis有着和Kai完全不同的性格，他開朗活潑，完全不隱瞞自己的想法；他高貴而自我，散發着特殊的魅力。三四郎面對這樣的“Kai”感到無比的困惑。在選擇"Kai"和“Isis”之間，Isis最終選擇沉睡於Kai內心深處，而Kai也許沒有發現，Isis身上的特質，是在將來的某天，自己為達成一些目的而必須要依靠的力量吧。
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《不受歡迎之人/禁止停靠（青之軌跡系列出書版）》